Бұл Қазақстан үшін ғаламдық деңгейде ерекше экологиялық құндылыққа ие және Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Орман және аңшылық шаруашылығы комитетінің басқаруындағы аумақ. Аумақты тікелей басқару ұлттық парк әкімшілігімен және қызметкерлердің толық штатымен жүзеге асырылады. Катонқарағай мемлекеттік ұлттық табиғи паркін басқару мынадай ұзақ мерзімді мақсаттар мен міндеттерге негізделген:
Ұлттық парктің жалпы ұзақ мерзімді мақсаттары мен міндеттері.
Жоғарыда аталғандай, ұлттық парк жұмысының мақсаты - ерекше экологиялық, ғылыми, мәдени және рекреациялық құндылыққа ие Оңтүстік Алтайдың бірегей табиғи кешендерін сақтау және қалпына келтіру. Мақсатқа жету үшін мынадай міндеттерді орындау қажет:
- ерекше экологиялық, рекреациялық және ғылыми құндылыққа ие мемлекеттік табиғи - қорықтық қорды, биологиялық әртүрлілікті, бірегей табиғи және тарихи - мәдени кешендер мен объектілерді сақтау;
- табиғи жағдайда табиғат үрдістерінің дамуына зерттеу және экологиялық мониторинг жүргізу;
- ғылымды, мәдениетті, ағартуды және білімді дамыту мақсатында ұлттық парк аумағын мақсатты және оңтайлы пайдалану;
- ғылыми ұйымдардың ұсыныстарының негізінде бұзылған табиғи және тарихи – мәдени кешендерді және объектілерді қалпына келтіру;
- халықтың экологиялық түсінігін жетілдіруді ұйымдастыру, мектеп оқушылары мен студенттерге арналған танымдық серуендер мен сабақтар, өндірістік іс-тәжірибелер өткізу;
- экологиялық туризмді, рекреацияны, шектеулі шаруашылық қызметтерді осы мақсаттарға арналған аймақтарда ұйымдастыру және жүзеге асыру.
Шығыс Қазақстан облысындағы Катонқарағай ауданында орналасқан. Ұлттық парктің аумағы теңіз деңгейінен 3000 метрден жоғары және мәңгі қарлармен көмкерілген көп жоталы таулы өңір, Оңтүстік Алтай ірі таулы аймағының шегінде орналасқан.
Катонқарағай мемлекеттік табиғи ұлттық паркінің аумағына төмендегілер кіреді: Листвяга және Қатын жоталарының оңтүстік макробеткейлері (Мұзтау тауының оңтүстік және шығыс беткейлері), Қазақстан шегіндегі Үкөк биік таулы үстіртінің батыс бөлігі, Оңтүстік Алтай, Тарбағатай (Алтайлық) және Сарымсақты жоталары.
Парктің мынадай шекаралары белгіленген:
Солтүстік және шығысында: Ресеймен (Алтай Республикасы) шектеседі;
Оңтүстік-шығысында:Катонқарағай ауданының аумағы бойынша парктің шекарасы өтеді;
Батысында: шекара Белқарағай және Солдатово ауылдарына дейін Фарпусная өзені (Шыршытсу) бойымен өтеді;
Оңтүстігінде: шекара Шыңғыстай орманшылығының Мұз-Бел орман саяжайы Шыңғыстай орман шаруашылығы және Катонқарағай және Күршім аудандарының әкімшлік шекараларынан және Катонқарағай мен Күршім аудандарының әкімшілік шекарасы бойымен оңтүстік-шығысындағы Қытаймен шекараға дейінгі Оңтүстік Алтай жоталарының солтүстік беткейлері Сарымсақты, Тарбағатай бойымен өтеді.
Жалпы көлемі - 643 477 Га оның ішінде:
- орманды жерлер –298 537 га оның ішінде,
- орманмен қамтылған жерлер – 260 270 га;
- орманмен қамтылмаған жерлер – 344 940 га оның ішінде:
- сулар – 4 646 га,
- батпақтар – 4 603 га,
- мұздықтар – 2 902 га.
Биік таулы және таулы-орманды аймақтардың климаты өте ылғалды, салқын, кей жерлерде өте суық. Солтүстік жартысындағы аймақта жылдық жауын-шашын көлемі 550-560 мм дейін.Жыл маусымының жылы айларында жауын-шашынның көптеп түсуі, ауа ылғалдығының жоғарлауын туғызып, биік таулы аймақтың өсімдік жамылғысына қолайлы әсер етеді. Желдің орташа айлық жылдамдығы жылына 1,7 м/сек құрайды . Қатты желді күндер жылына 7 күн, шаңды дауылды 10 күнді құрайды.
